Electro Harmonix Mod Rex jest punktem wyjścia dla każdego możliwego efektu modulacji. Pedał podzielony jest na cztery różne sekcje i oferuje klasyczne dźwięki flangera, phasera i chóru, a także możliwość dodawania efektów tremolo, filtrów, a nawet modulacji panoramy stereo. Wszystkie cztery sekcje są zsynchronizowane poprzez tempo globalne, które może być ustawiane albo poprzez kontrolę tempa, poprzez przełącznik tempa kranu lub poprzez przychodzący sygnał MIDI. Dla każdego efektu modulacji dostępnych jest 9 różnych podpodziałów i cztery krzywe LFO, co sprawia, że eksperymentalne dźwięki i rytmicznie pulsujące stereofoniczne pejzaże dźwiękowe są dziecinnie proste dla Electro Harmonix Mod Rex.